福建医科大学附属协和医院心脏外科是福建省集医疗、教学和科研为一体最大的心脏中心，福建省十大重点学科之一，福建省第一个外科学博士点，全国心脏外科继续教育基地之一。拥有福建省胸心外科研究所、福建省冠心病研究所2个省级研究所。
    心脏外科是由三个病区（29、30、31区）、重症监护室(ICU)、心外科手术室（CSOR）、心外科麻醉组和体外循环组等5部分组成；设普通病床102张，ICU病床21张；现有医护人员101人，其中主任医师、教授5人，副主任医师、副教授5人，博士12人，硕士9人，跨世纪百千万阶梯人才6人，博导2人，硕导8人，是我省学历最高、技术力量最雄厚的临床科室。有10位青年医生16人次在美国、意大利、英国、日本、法国和德国等10个国家做过高级访问学者或博士后研究。每年3~5人次参加国际学术会议，知识结构得到全面及时的更新，真正成为掌握本学科国际学术动态的学科领路人。
    心脏外科拥有最先进的大型先进医疗设备数十台，包括Stockert-III型体外循环机、熊牌（Bear）及Drager牌成人和婴幼儿专用呼吸机、西门子（Siemens）麻醉机、GE（Vivit7型）心脏彩色多谱勒超声、Sarns离心泵、Hemonetics血液回收机、Datascope主动脉内球囊反搏机、Baxter持续心排量监测仪和床旁CRRT仪、惠普（HP）中央监护系统、Nova血气分析仪、ECMO等。每日完成心脏手术8~15台，年手术量逐年增加。全省第一流的中央电脑监控重症监护病房是“全国青年文明号”，以国际第一流模式的装备及管理，重症监护医师在危重症监护方面的经验极其丰富，确保心脏术后病人的顺利康复，并承担全省危重病人的抢救和全省危重症监护医务人员的培训工作。
    协和心脏外科每年完成心脏手术台数列全国综合性医院的前列， 2004、2005、2006、2007年在本院内完成心脏手术达1051、1187、1345、1407台，连续5年在全省保持第一，是我省首家也是唯一一家年心脏手术量超过1000台的单位。另外协和心脏外科每年还协助省内外的协作医院完成心脏手术达近200例；近5年开展新技术、新项目23项，国内继续领先项目3项，省内继续领先项目28项。1995年成功地施行了福建省首例心脏移植术，目前在已完成123例心脏移植5例心肺联合移植，稳居全国前列，已成为我国心脏移植的中心基地，由于成绩斐然，被推荐参与卫生部器官移植法和器官移植准入制度的制定，卫生部法定的心脏移植基地。心脏外科在省内率先开展全胸腔镜下体外循环房间隔缺损修补手术和微创小切口房间隔缺损封堵术；冠状动脉搭桥技术及重症缺血性心肌病的外科治疗处于国内先进水平；基因缝线预防血管再狭窄、生长因子转基因治疗心肌梗塞填补了国内空白；急诊冠状动脉搭桥，不停跳冠状动脉搭桥，冠状动脉搭桥合并室壁瘤切除等技术填补省内空白。新生儿复杂心脏手术年龄最小的仅为出生后31个小时，体重最小的为1.5公斤，开展了数十种心血管外科高难度的手术。大血管疾病的外科治疗迅速发展，处于国内先进行列，其中先心病主动脉弓离断矫治手术，主动脉弓置换手术，Bentall手术，象鼻技术和急诊夹层动脉瘤手术等多项技术均为省内领先。
    协和心脏外科共承担国家、省部级等课研项目24项；获国家级、省部级科技进步奖共20项；每年在SCI或国家级I级刊物发表论文10余篇，现已在权威学术刊物上发表论文250余篇，主编学术专著4部，参编10余部；承担福建医科大学本科、硕士和博士研究生的教学工作，以及国家级和省级医学继续教育培训。举办国家级学习班2次，省级学习班10余次。近年来，主要科研成果“原位心脏移植的研究”、“体外循环中体液因子的变化及临床应用系列研究”、“体外循环再灌注肺的原因及防治”、“基因缝线促进心肌血管再生”、“减少体外循环用血的系列研究”、“羟乙基淀粉对心肺器官保护的实验研究”、“非体外循环下冠脉旁路移植术”、“骨髓干细胞移植治疗缺血性心肌病” “婴幼儿复杂先心病的外科治疗”等均获福建省科技进步奖，这些突破性研究成果对心脏外科的发展具有重要的促进意义。最近在未成熟心肌保护、一氧化氮治疗肺动脉高压、转基因治疗预防移植心脏冠脉再狭窄、异种心脏移植转基因治疗等实验研究方面也取得了很大的突破。福建省胸心外科研究所动物实验室占地150平方米，设备齐全，包括电脑血流动力学测定仪、一氧化氮浓度测定仪、超净工作台、显微外科手术台和显微外科手术器械、离体心脏灌注工作台以及分子生物学科研仪器等等；在研的教育部、省教委、省科委、卫生厅等科研攻关课题16项，其中重大课题5项，共有科研经费250多万元；已培养毕业博士13名，硕士31名，在读博士生12名，硕士生15名。
    协和心脏外科全体人员朝气蓬勃、团结奋进，开拓创新，敬业奉献，屡创佳绩，成为我省医学界唯一被福建省政府授予“五一”劳动奖章的集体。他们一直以“严谨、求精、勤奋、奉献”的协和精神为指导，走创新之路，在共建和谐社会的大气候下，发展和壮大心血管外科事业，为我省及我国的心血管疾病患者作出应有的贡献。